Akhirnya Budiman hanya menjalani hukuman selama 3,5 tahun setelah diberi amnesti oleh Presiden Abdurrahman Wahid pada 10 Desember 1999.
• Video Ricuh Demo Mahasiswa di DPRD Solo: Anjing Lari, Gas Air Mata dan Water Cannon Diluncurkan
Selepas dari penjara, Budiman kembali mengenyam pendidikan Ilmu Politik di Universitas London dan Master Hubungan Internasional di Universitas Cambridge, Inggris.
Pada akhir 2004, setelah kembali ke Indonesia, Budiman Sudjatmiko bergabung ke PDI Perjuangan, dan membentuk Repdem (Relawan Perjuangan Demokrasi), sebuah organisasi sayap PDIP.
Menariknya, pada Juni 2014, Budiman berseteru di media sosial dengan dengan Hutomo Mandala Putra, anak Soeharto.
Perseteruan ini seperti 'aroma lama' di antara keduanya pada 1998 yang mengakibatkan tumbangnya rezim orde baru
Artikel ini telah tayang di Tribunjambi.com dengan judul Siapa Sebenarnya Budiman Sudjatmiko? Di Jogja Dikejar-kejar Intel, Dipenjara 13 Tahun, Terbongkar